Ayer me fijé que mi consola de Guake no estaba igual que siempre, sino que fallaba al ejecutar ciertas aplicaciones y la pantalla se desdibujaba cuando empleaba el comando man. En concreto recibía el siguiente error:

WARNING: terminal is not fully functional

Trasteando, comparé la variable de entorno TERM de la consola de guake con la de la gnome-console normal, que funcionaba bien, y en efecto la consola de Guake mostraba una terminal diferente

En Guake:
echo $TERM dumb

En gnome-terminal:
echo $TERM xterm

El error se podía solucionar temporalmente simplemente cambiando el valor de la variable TERM a xterm
export TERM=xterm
de manera que inicialmente puse esa línea en mi .bashrc y listo.

Sin embargo, buscando más información sobre el problema, encontré el track del bug en launchpad, donde se daba una solución alternativa que me gusta más.

Guake es un programa en python que se lanza mediante un script que está en /usr/bin/guake de manera que lo único que hay que hacer es modificar ese último script y añadir el export ahí.

GUAKEPATH="/usr/lib/guake"  
PYTHONPATH="$PYTHONPATH:$GUAKEPATH"  
PYTHON="/usr/bin/python"  
export TERM=xterm    
exec -a guake $PYTHON -OO $GUAKEPATH/guake.py "$@"

Y santas pascuas.